O jogo conta a história de uma unidade de resgate chamada S.O.R.T, que tem de ir a uma ilha misteriosa chamada Ibis. O cientista Edward Kirk é uma autoridade mundial em pesquisas energéticas e, aparentemente, morreu a alguns anos atrás. Na verdade, ele está vivo e não é só isso: ele está trabalhando com um grupo de pesquisa numa ilha isolada, quando o governo descobre isso resolve mandar um grupo para prender Edward Kirk e trazê-lo de volta a seu país de origem. A série nunca revelou qual país é este, que quer capturar Edward, mas tudo leva a crer que seja o governo dos E.U.A , já que todos falam inglês e tem nomes muito comums nos Estados Unidos. O cientista desenvolveu uma fonte de energia que seria totalmente limpa chamada de Third Energy (algo como terceira energia). Então o governo manda a S.O.R.T. até essa ilha misteriosa, eles chegam lá de pará-quedas, um dos integrantes do grupo (Cooper) morre logo no começo quando é engolido por um T-Rex. Os outros três chegam ilesos na ilha, e descobrem que o lugar está cheio de criaturas muito parecidas com os dinossauros que se vê nos livros escolares, e que quase todos os humanos que habitavam a ilha foram mortos por estes dinossauros. No meio do jogo, o grupo encontra o Dr. Kirk, ele lhes revela que a Third Energy é capaz de transportar objetos e seres de um lugar para o outro, e que razão para aqueles dinossauros estarem ali é porque dependendo da quantidade de energia empregada é possível até mesmo viajar no tempo ou trazer outros tipos de coisas do passado ou do futuro usando a T.E. O jogo nunca deixa claro se Kirk é o responsável por aqueles dinossauros estarem ali ou se isto foi um acidente durante a pesquisa que estava sendo conduzida na ilha Ibis. A trama é bem interessante, mas tem muita similaridade com Resident Evil, porem não é a toa o criador e idealizador desse projeto é Shinji Mikami, o mesmo de RE. Mikami já chegou a produzir clássicos importantes da história dos vídeo games como a excelente série.